20 PLUS YEARS MARRIAGE AND SURNAME

Hello po.  Need your advice please.  
My parents been together for more than 20yrs or so, my father separated and married another woman in the province.  Lately lang namin nalaman na hindi pala sila kasal ng nanay (back 10 yrs ago or so), pero lahat ng papeles ng nanay ko ay gamit na ang surname ng tatay ko. Nagsama po sila  simula 1967 pa at nagkahiwalay ng 1995.  Naguguluhan po kasi ako, gusto ko pong kunan ng passport ang nanay ko, ang mga valid IDs po nya - senior citizen, postal ID eh puro po nasa apelyido ng tatay ko, wala naman po kami maiproduce na marriage contract/license from NSO.  Wala po bang magiging problema din sa aming magkakapatid na sa birth certificate namin ay nakapirma sila pero di naman pala kasal.   Ikukuha ko po sya ng NBI pero ilalagay ko po ba single? Ano ano po ba ang mga legalities ang involved. Kami po ba ang original o yung pinakasalan?  Salamat po ng marami at sana may magkainteres na sagutin.  Ako po ay talagang naguguluhan.

Lumalabas na single ang nanay mo, ayon sa salaysay.
Never been married pero kailangan kuhanan mo ng Certificate of No Marriage from NSO to validate ang official status.
May birth certificate ba ang nanay mo na certified ng NSO? This will validate her official surname.
Ano ang nakalagay sa mga birth certificate ng mga anak na registered sa NSO? May Affidavit to Use Father's Surname AUSF ba?

Having established these, heto malamang ang mga implications sa inyo.
-Single mother ang nanay mo.
-Ang mga anak ay illegitimate.
-Surname ng anak kung walang AUFS ay surname ng nanay.

Ayon naman sa passporte,
-Ang application niya ay base sa Birth Certificate niya certified by NSO.
-Ang NBI clearance application niya ay base rin the Birth Certificate

Sa mga IDs ng nanay, madaling ipareho na lang sa Birth Certificate. Dapat icorrect.

Ang gagawin sa father, saka niyo na asikasuhin. Maaring maapply ang Republic Act 9262.